永州市腦科醫(yī)院（原永州市芝山醫(yī)院）前身為衡陽專署零陵精神病療養(yǎng)院。建于1959年7月，院址設(shè)零陵縣東風(fēng)鎮(zhèn)高山寺12號一座古廟內(nèi)（今永州市零陵區(qū)東山路11號），占地面積25733 m2。醫(yī)院隸屬衡陽專署民政科領(lǐng)導(dǎo)，由衡陽專署民政科委托零陵縣民政股代管，以收容革命殘廢軍人、復(fù)原退伍軍人和社會“三無”對象中的精神病人為主要業(yè)務(wù)。

      1962年12月，更名為零陵專署精神病療養(yǎng)院 。1972年，醫(yī)院更名為零陵地區(qū)精神病院，承擔(dān)零陵地區(qū)精神病人的防治工作。1980年，醫(yī)院歸地區(qū)民政局和地區(qū)衛(wèi)生局雙重領(lǐng)導(dǎo)。1992年，醫(yī)院更名為零陵地區(qū)芝山醫(yī)院。1995年，根據(jù)零陵地區(qū)機(jī)構(gòu)編制委員會核定，醫(yī)院定編床位250張，人員編制250名，其中衛(wèi)生技術(shù)人員110名，護(hù)士75名，行政管理和工勤人員65名。

      1996年零陵地區(qū)改為永州市后，醫(yī)院更名為永州市芝山醫(yī)院，并沿用至今。

      2010年1月，按照湖南省民政廳《關(guān)于同意永州市芝山醫(yī)院為優(yōu)撫醫(yī)院的批復(fù)》文件精神，醫(yī)院被確定為永州市優(yōu)撫醫(yī)院。8月，由永州市衛(wèi)生局確定為永州市精神病防治與指導(dǎo)機(jī)構(gòu)。12月，永州市政府下發(fā)《永州市人民政府辦公室關(guān)于做好重性城區(qū)流浪乞討危重病人及精神病人救治救助工作的通知》，將醫(yī)院確定為中心城區(qū)流浪乞討精神病人定點救治醫(yī)院。

      2014年3月，永州市編委批復(fù)同意，將永州市芝山醫(yī)院和永州市瀟湘醫(yī)院合并組建永州市精神病醫(yī)院，單位性質(zhì)不變，后因兩院人事管理、資金運行、業(yè)務(wù)范圍等方面因素未能融合到位，兩院實際上仍處于各自獨立運行的狀態(tài)。

      2014年8月，省衛(wèi)生廳發(fā)文《湖南省衛(wèi)生廳關(guān)于確定省市精神衛(wèi)生中心的通知》，確認(rèn)永州市芝山醫(yī)院為永州市精神衛(wèi)生中心。9月，醫(yī)院成立市精神衛(wèi)生中心辦公室，由醫(yī)院醫(yī)務(wù)科長蔣先勝任辦公室主任。

      2014年10月，市公安局、市民政局、市衛(wèi)生局聯(lián)合下發(fā)《關(guān)于指定永州市芝山醫(yī)院作為強(qiáng)制醫(yī)療場所的通知》文件，永州市芝山醫(yī)院確定為強(qiáng)制醫(yī)療場所，負(fù)責(zé)收治本市人民法院決定強(qiáng)制醫(yī)療的對象，或因省強(qiáng)制醫(yī)療所容量有限而難以收治的對象，以及相應(yīng)醫(yī)療監(jiān)護(hù)工作。

      2017年11月8日，醫(yī)院整體搬遷至位于零陵區(qū)長茅坪2號的新院區(qū)。